Η θεραπεία εξαρτάται από το μέγεθος του καρκίνου, τη θέση και το βάθος του. Όσο περισσότερο χρόνο υφίσταται η καρκινική βλάβη προτού υποβληθεί σε θεραπεία, τόσο μεγαλύτερος και βαθύτερο θα είναι το βασικοκυτταρικό καρκίνωμα.

Η θεραπεία μπορεί να περιλαμβάνει απόξεση και ηλεκτροκαυτηρίαση του καρκίνου, κρυοθεραπεία, τοπική φαρμακευτική αγωγή, ακτινοβολία, φωτοδυναμική θεραπεία (PDT), αφαίρεση με Laser, χειρουργική εκτομή ή μικρογραφική χειρουργική εκτομή με την μέθοδο Mohs.