Δε γνωρίζουμε την ακριβή αιτία του Σκληροατροφικού Λειχήνα. Ενοχοποιούνται διαταραχές του ανοσοποιητικού συστήματος και προβλήματα ορμονών. Θεωρείται επίσης ότι οι άνθρωποι κληρονομούν την πιθανότητα εμφάνισης της νόσου. Μερικές φορές εμφανίζεται σε δέρμα που έχει υποστεί βλάβη ή τραυματισμό. Ενοχοποιούνται επίσης λοιμώξεις του δέρματος όπως HPV, έρπης κ.α.
O Σκληροατροφικός Λειχήνας σχετίζεται και με άλλα αυτοάνοσα νοσήματα όπως σκληροδερμία, ομαλός λειχήνας, λεύκη και γυροειδή αλωπεκία. Ο Σκληροατροφικός Λειχήνας δεν είναι μεταδοτικός αλλά, το δέρμα με Σκληροατροφικό Λειχήνα έχει περισσότερες πιθανότητες να αναπτύξει καρκίνο του δέρματος.