Η φωτοδυναμική θεραπεία περιλαμβάνει δυο στάδια. Στο πρώτο στάδιο η φωτοευαισθητοποιητική ουσία χορηγείτμαι στον ασθενή από μία η περισσότερες οδούς (τοπικά, ενδοφλέβια, από του στόματος), και προσλαμβάνεται από τα κύτταρα “στόχος”. Το δεύτερο στάδιο περιλαμβάνει την ενεργοποίηση του φωτοευαίσθητοποιητικού παράγοντα παρουσία οξυγόνου, μέσω ενός συγκεκριμένου μήκους κύματος φωτός. Λόγω του ότι η φωτοευαίσθητοποιητική ουσία προσλαμβάνεται περισσότερο από τα κύτταρα που πολλαπλασιάζονται ταχύτερα, τα κύτταρα της βλάβης προς θεραπεία, η αγωγή είναι εκλεκτική, ελαχιστοποιώντας την ιστική βλάβη στον υγιές ιστό.