Στους άνδρες τα πρώτα συμπτώματα εμφανίζονται συνήθως μεταξύ 2 ημερών και 2 εβδομάδων από την έκθεση στo γενόκοκκο και μοιάζουν με αυτά που προκαλούν τα χλαμύδια. Οι ομοφυλόφιλοι άνδρες μπορεί να μην έχουν συμπτώματα, ειδικά όταν η λοίμωξη προσβάλλει το φάρυγγα ή το ορθό.

Αν είστε άνδρας, πρώτα θα αισθανθείτε φαγούρα και τσιμπήματα στην ουρήθρα του πέους. Λίγες ώρες αργότερα η ούρηση γίνεται οδυνηρή καθώς νιώθετε πόνο και κάψιμο όταν ουρείτε. Τέλος, παρατηρείται μία γαλακτώδης έκκριση από το πέος. Καθώς η μόλυνση εξελίσσεται, ο πόνος στην ουρήθρα επιδεινώνεται και παράγονται μεγάλες ποσότητες παχύρευστων, πυωδών εκκρίσεων. Όταν έχετε στύση πονάτε.

Αναλυτικότερα τα συμπτώματα στον άνδρα είναι:

• Τσιμπήματα στην ουρήθρα του πέους, πόνος ή κάψιμο κατά τη διάρκεια της ούρησης, θολά ούρα στις περισσότερες περιπτώσεις.
• Πόνος κατά την στύση.
• Παχύρρευστη κιτρινωπή έκκριση πύου από το πέος στο 50% των περιπτώσεων .
• Φλεγμονή των όρχεων.
• Φλεγμονή του προστάτη.

Αν είστε γυναίκα, τα συμπτώματα μπορεί να είναι πολύ ήπια ή να μην εμφανιστούν καθόλου (το 60-80% των γυναικών δεν παρουσιάζει συμπτώματα).
Όταν εμφανίζονται τα συμπτώματα, αυτό συμβαίνει σε διάστημα 1 έως 3 εβδομάδων. Η μόλυνση επηρεάζει συνήθως τον τράχηλο της μήτρας και άλλα αναπαραγωγικά όργανα, όπως και την ουρήθρα. Μπορεί να έχετε συχνουρία, έπειξη προς ούρηση (επείγουσα ανάγκη), δυσουρία, πύον στις κολπικές εκκρίσεις και κάποια φλεγμονή που μπορεί να διαπιστωθεί μόνο με τη φυσική εξέταση.
Τα συμπτώματα είναι συχνά τόσο ήπια, που πολλές γυναίκες δε γνωρίζουν ότι έχουν μολυνθεί. Σε πολλές περιπτώσεις η μόνη ένδειξη ότι μία γυναίκα πάσχει από γονόρροια είναι η γνώση ότι κάποιος άνδρας με τον οποίο έκανε σεξ έχει εμφανίσει τη νόσο.

Ενδείξεις ή συμπτώματα της μόλυνσης στις γυναίκες είναι:

• Μόλυνση και ερεθισμός του τράχηλου της μήτρας.
• Συχνοουρία.
• Αίσθημα κνησμού (φαγούρα) και κάυσου (κάψιμο) στην περιοχή της μήτρας, συνήθως συνοδευόμενη από παχύρρευστη κιτρινωπή έως πρασινωπή έκκριση πύου.
• Ενοχλήσεις στην περιπρωκτική περιοχή.
• Αιμορραγία μεταξύ των περιόδων ωορρηξίας.

Και στα δύο φύλα η γονόρροια – βλενόρροια του ορθού προκύπτει από την πρωκτική συνουσία με μολυσμένο άτομο ή από τη μόλυνση που εξαπλώνεται από τη γεννητική περιοχή του ίδιου του ατόμου. Μπορεί να προκαλεί ενόχληση στην περιοχή του πρωκτού και έκκριση από το ορθό, αλλά σε πολλές περιπτώσεις δεν παρατηρούνται συμπτώματα.