Τα πρώτα σημεία μετά από την προσβολή από τον ιό HSV2, εκδηλώνονται συνήθως μετά από 2 εβδομάδες.
Αρχικά εμφανίζονται μικρές φυσαλίδες πάνω στα γεννητικά όργανα ή στην περιοχή του πρωκτού.
Στη συνέχεια σπάζουν και προκαλούνται τοπικά έλκη του δέρματος που συνοδεύονται από πόνο και κνησμό.
Μπορεί να συνοδεύονται από διόγκωση των βουβωνικών λεμφαδένων, μια γενική αδιαθεσία και σπανιότερα πυρετό.
Τα έλκη επουλώνονται μετά από δύο εβδομάδες. Υπάρχει όμως η πιθανότητα να εμφανιστούν ξανά τα ίδια κλινικά σημεία.
Πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι οι περισσότεροι ασθενείς μολύνονται από τον ιό HSV2, χωρίς να το αντιληφθούν διότι τα συμπτώματα τους είναι ήπια ή ακόμη δεν παρουσιάζουν έλκη ή εάν τα παρουσιάσουν είναι περιορισμένα με αποτέλεσμα να θεωρήσουν ότι πρόκειται για κάτι άλλο.
Οι ασθενείς που εκδηλώνουν κλινικά σημεία του έρπη των γεννητικών οργάνων, μπορεί να παρουσιάζουν υποτροπές της ασθένειας, με επαναλαμβανόμενα επεισόδια μέχρι και 4 έως 5 φορές το χρόνο.
Σταδιακά όμως με το πέρασμα του χρόνου, η συχνότητα και η σοβαρότητα των νέων επεισοδίων του έρπη των γεννητικών οργάνων μειώνεται.
Πρέπει να σημειωθεί ότι τα άτομα που γνωρίζουν ότι έχουν προσβληθεί από τον ιό HSV, είναι πιθανόν να νιώθουν άβολα και να είναι στενοχωρημένα από το γεγονός αυτό.