Η θεραπευτική αντιμετώπιση των χλαμυδίων γίνεται με τη λήψη βακτηριοστατικών αντιβιοτικών: μακρολίδες (αζιθρομυκίνη, κλαριθρομυκίνη, ερυθρομυκίνη κ.ά.) ή τετρακυκλίνες (δοξυκυκλίνη, τετρακυκλίνη κ.ά.), ενώ στις έγκυες και τις θηλάζουσες γυναίκες συνιστώνται κυρίως η ερυθρομυκίνη και εναλλακτικά η αμοξικιλλίνη. Κατά κανόνα, συνιστάται να πάρει θεραπεία και ο/η σύντροφος.
Αν η νόσος δεν αντιμετωπιστεί, μπορεί να προκαλέσει σοβαρά αναπαραγωγικά και άλλα προβλήματα υγείας, όπως παθήσεις στα μάτια (τράχωμα), στους πνεύμονες και στα αυτιά. Ειδικότερα, στη γυναίκα μπορεί να προκαλέσει:
- χρόνια φλεγμονώδη νόσο της πυέλου, που θεωρείται η σοβαρότερη επιπλοκή της νόσου και εμφανίζει βαριά κλινική εικόνα σε οξεία μορφή
- σαλπιγγίτιδα
- οξεία ενδομητρίτιδα
- έκτοπη κύηση (τα χλαμύδια ευθύνονται για το 40% των εκτόπων κυήσεων)
- πρόωρο τοκετό, μειωμένη ανάπτυξη του εμβρύου και χαμηλό βάρος γέννησης
- υπογονιμότητα
Στον άντρα μπορεί να προκαλέσει:
- ουρηθρίτιδα
- επιδιδυμίτιδα
- στειρότητα
Στο νεογέννητο βρέφος μπορεί να προκαλέσει επιπεφυκίτιδα (στο 1/3 των περιπτώσεων εντός των 2 πρώτων εβδομάδων της ζωής του) ή πνευμονία (σε ποσοστό 15% εντός των 4 πρώτων μηνών). Ποσοστό 50-60% των νεογέννητων από μητέρες με χλαμυδιακή τραχηλίτιδα μολύνονται από τη νόσο.